北京大學第三醫院（簡稱“北醫三院”）建于1958年，國家衛生健康委委管醫院，集醫療、教學、科研、預防、康復與保健為一體的綜合性三甲醫院。2018年底，在崗職工5157人，開放床位1891張。醫院有36個臨床科室、10個醫技科室。有27個博士點、1個臨床博士后流動站。在崗博士生導師57人，中國科學院院士1人、中國工程院院士2人，國家千人計劃1人，國家自然科學基金杰出青年基金獲得者3人、科技部“973”首席科學家1人、教育部“長江學者特聘教授”2人，2人入選國家級“新世紀百千萬人才工程”，青年千人計劃1人，國家自然科學基金**青年科學基金獲得者4人，衛生部突出貢獻專家10人。
北醫三院脊柱外科是國內最強的學科，生殖醫學中心的治療方法最全面、規模是國際**之一，中國大陸首例試管嬰兒在此誕生。運動醫學研究所是新中國最早成立、國內**的中國奧委會指定運動員傷病防治中心。眼科在眼外傷、角膜移植、白內障和青光眼等方面處于國內第一方陣；消化科在潰瘍病發病機制研究及治療、早期胃癌的診療等領域居國內前列；心血管內科在冠心病介入治療、心臟病人康復治療、心血管臨床與基礎協調發展等方面成績突出；成形科、職業病科是國內率先成立的臨床特色學科。
經過幾代人的共同努力，北醫三院已躋身國內三甲醫院第一方陣。醫院擁有20個國家臨床重點?？疲汗强啤⑺巹┛疲ㄅR床藥學）、病理科、專科護理、檢驗科、消化科、婦科、產科、職業病科、耳鼻喉科、心血管分子生物學與調節肽重點實驗室、呼吸內科、神經內科、普通外科、泌尿外科、眼科、麻醉科、康復醫學科、成形科（整形外科）、運動醫學科。婦產科為國家婦產疾病臨床醫學研究中心，產科、康復醫學科為國家產科專業、國家康復醫學醫療質量管理和控制中心。
十多年來，北醫三院門、急診量始終居于北京市前列。2018年，服務門診患者403萬余人次，急診患者近27萬人次，出院患者逾11萬人次，完成手術6.3萬例次。平均住院日為5.51天/人次。在北京市DRGs（疾病診斷相關組）綜合評價中，北醫三院各項主要管理指標達先進水平。在北醫三院出院患者中，有三分之一來自全國各地。
北醫三院有18個北京市住院醫師規范化培訓專業基地、2個國家衛生健康委員會?？漆t師規范化培訓基地、2個北京市住院醫師規范化培訓技能考核中心。作為北京大學臨床醫學院，每年有近800名醫學生、350余名博士生、碩士生。同時，承擔著1500余名進修醫生和近400名北京市住院醫師規范化培訓任務。每年有100個國家級和北京市級繼續醫學教育項目。
北醫三院有3個教育部創新團隊：骨科、運動醫學研究所、婦產科；3個教育部重點實驗室：輔助生殖、分子心血管學（參與）和視覺損傷與修復（參與）；1個國家衛生健康委重點實驗室：心血管分子生物學與調節肽；8個北京市重點實驗室：磁共振成像設備與技術、脊柱疾病研究、生殖內分泌與輔助生殖技術、心血管受體研究、運動醫學關節傷病、幽門螺桿菌感染與上胃腸疾病、眼部神經損傷重建保護與康復、神經退行性疾病生物標志物研究及轉化。
截至2018年底，北醫三院35個學科156人次擔任中華醫學會等主系列學術團體二級分會副主委以上任職；16個學科36人次在中國科技論文統計源期刊收錄雜志副主編以上人職。
北醫三院為第一完成單位，喬杰院士團隊牽頭的“配子胚胎發育研究與生育力改善新方法的應用”研究榮獲2017年國家科技進步獎二等獎，“生殖細胞發育的表觀遺傳調控機制及體外干預方法研究”項目榮獲2018年中華醫學科技一等獎；骨科劉忠軍教授團隊牽頭的“3D打印鈦合金骨科植入物的臨床應用與關鍵技術研究”榮獲2018年北京市科學技術獎一等獎。
2018年，北醫三院輔助生殖技術系列研究成果作為改變民生的臨床技術**代表，入選“偉大的變革——慶祝改革開放40周年大型展覽”。
近年來，醫院集團化發展初具規模。2018年，受張家口市人民政府和崇禮區政府委托，全面接管崇禮區人民醫院，北醫三院崇禮院區揭牌；受北京大學指派，與延安市政府正式簽約，托管延安市中醫醫院，北醫三院延安分院揭牌；與首都機場集團公司合作，接管北京首都國際機場醫院，北醫三院首都國際機場院區揭牌。2019年，與兵器工業集團合作，接管兵器工業北京北方醫院。海淀北部醫學中心建設穩步推進，北醫三院順義院區進入籌備階段。集團化發展戰略為學科發展贏得了寶貴的空間，也為醫院未來合理布局提供了前所未有的機遇。
北醫三院秉持以患者為中心的服務理念，持續提升醫療服務質量，重視人文關懷，關愛老年群體健康，以強烈的社會責任感積極投身公立醫院改革。近年來不斷提高管理水平，參與多個國家級重大項目和課題的研究，取得成果被政府相關管理部門所采納。在臨床路徑、優質服務護理工程、對口支援、醫聯體建設、援藏援疆支邊等方面發揮了國家級醫院的作用。同時，醫院還承擔著國家重大活動的醫療保障工作，承擔著重大突發事件的醫療救援任務。近年來，出色完成了北京奧運會、建國六十周年慶典、抗震救災、健康快車、埃博拉出血熱病人救援、非洲“光明行”、歷次全國“兩會”等各項醫療保障任務。
醫院連續多年榮獲多項榮譽。榮獲全國文明單位、全國衛生文化建設先進單位、全國醫藥衛生系統先進集體、全國醫藥衛生系統創先爭優活動先進集體、全國綜合醫院中醫藥工作示范單位、首都十大疾病科技攻關與管理工作核心單位等，神經內科、心血管內科、眼科、運動醫學研究所、藥劑科等榮獲“全國青年文明號”榮譽稱號，醫院被中華全國總工會授予“模范職工之家”稱號。
2018年，北醫三院迎來六十華誕，金秋十月，中國醫院創新發展峰會暨北醫三院建院60周年學術研討會在北京國際會議中心召開。大會以“創新點亮未來”為主題，與國內外同行共同探索新時代大型醫院創新發展之路，引起國內同行的廣泛關注。擁有60年歷史的北醫三院，積淀歷久彌新的醫院文化，充滿朝氣與活力。全體北醫三院人將繼續秉承“團結、奉獻、求實、創新”的院訓精神，以精湛的醫術和高度的責任感承載生命的重托，為建設“國家級醫療中心、高水平的疑難重癥診治中心、臨床醫學研究中心和醫學人才培養基地”而努力奮斗！

2008年：臨床與應用基礎研究，高等學?？茖W技術進步一等獎;肌萎縮側索硬化/運動神經元病的基礎與臨床研究，高等學校科學技術進步一等獎;關節運動損傷的臨床與基礎系列研究，中國體育科學學會科學技術獎一等獎;玻璃化冷凍兔及人卵母細胞的研究及首例三凍試管嬰兒誕生，北京市科技進步三等獎;肌萎縮側索硬化/運動神經元病的基礎與臨床研究，北京市科技進步三等獎;基因治療和組織工程治療難治性運動創傷，北京市科技進步三等獎;高同型半胱氨酸血癥加速動脈粥樣硬化發生的免疫機制，北京市科技進步三等獎;高同型半胱氨酸血癥加速動脈粥樣硬化發生的免疫機制，中華醫學科技二等獎;耳鳴發病機制—中樞神經系統神經遞質及離子通道可塑性研究，中華醫學科技三等獎;肌萎縮側索硬化/運動神經元病的基礎與臨床研究，中華醫學科技三等獎;中國女醫師協會五洲女子科技獎，臨床醫學科研創新獎;系統性紅斑狼瘡免疫病理機制及臨床應用，四川省科學技術三等獎(第二完成單位);血清陰性脊柱關節病發病機制、診斷及治療研究，四川省科學技術一等獎(第三完成單位)。2009年：生殖和精子庫的關鍵技術及其在生殖健康中的應用，國家科學技術進步二等獎(第二完成單位);氣流阻塞性疾病的臨床和基礎研究，中華醫學科技三等獎。

醫院連續多年榮獲多項榮譽。榮獲全國衛生文化建設先進單位、全國醫藥衛生系統先進集體，全國醫藥衛生系統創先爭優活動先進集體;被中華全國總工會授予“模范職工之家”稱號;榮獲中國醫院協會首屆“醫院創新科技獎”三等獎;被衛生部評為2010年全國優質護理服務考核優秀醫院;榮獲衛生部全國公立醫院“2011年度醫院改革創新獎”;2012年，醫院榮獲北京市DRGs付費試點工作單項獎、衛生信息化推進優秀獎、北京市藥品不良反應監測工作和醫療器械不良事件監測工作先進單位;“手術室關鍵資源協同優化與高效管理”項目榮獲中國醫院協會醫院科技創新獎三等獎;藥物臨床試驗機構榮獲北京市科委授予的“北京生物醫藥產業跨越發展工程最佳臨床藥理基地”稱號。由神經內科牽頭的北京大學“神經內科學”課程被評為國家級精品課程，神經內科、心血管內科、眼科、運動醫學研究所、藥劑科等榮獲“國家級青年文明號”榮譽稱號。